《赣南医学院学报》前身是赣南医学专科学校主办的《医学资料选编》，为内部刊物，不定期出版。1980年6月《赣南医专学报》正式创刊为不定期内部交流刊物，相继成立了学报编辑委员会和学报编辑部。1984年，改为半年刊，内部交流。1987年经上级出版管理部门批准公开发行，并定为半年刊，国内统一刊号：CN36-1040。1988年，国家批准在赣南医专的基础上组建赣南医学院，学报也随学校的升格，经国家新闻出版署批准更名为《赣南医学院学报》，由半年刊改为季刊，公开发行，国内统一刊号CN36-1154/R。2002年7月改为双月刊，每双月末发行。1989年始由中国教育图书进出口公司向国外宣传发行，同时取得了国际连续出版物号ISSN1001-5779，国外发行刊号：JNSC-241。              

  《赣南医学院学报》的办刊宗旨：本刊为医学综合性学术刊物。以坚持党的四项基本原则，贯彻党和国家的教育、科技、卫生工作方针，繁荣学术研究为宗旨，严格遵守有关法令、法规和条例，面向经济建设，反映我院医学教学、科研、医疗水平、交流和推广最新科研成果，促进医学教育和卫生的发展。

  《赣南医学院学报》主要栏目设置：基础医学、临床医学、经验交流、综述、临床护理、医学影像学研究、中草药研究、医患关系研究、医学教育与管理等。本刊以稿件的科学水平、学术价值、创新程度、实验数据、结论是否明确为评价标准和录取依据。刊发理论研究性的文章侧重于理论上的创新与普及；刊发应用研究性的文章侧重于实际的可操作性或信息的及时、准确、丰富性。

　为了实现科技期刊编辑、出版发行工作的电子化，推进科技网络工程，1996年11月，《赣南医学院学报》正式入编《中国学术期刊（光盘版）》，1999年5月入网“万方数据网络系统数字化期刊群。1999年12月经国务院新闻办、国家新闻出版署审核备案，将《赣南医学院学报》1994-2002年全文收录国家级火距计划项目、国家重点新产品"中国期刊网"、“中国学术期刊（光盘版）”，国家级火炬计划项目“中国学术期刊综合评价数据库来源期刊”。标志着《赣南医学院学报》进入一个新的发展时期。